海洋國家公園管理處申請學術研究暨採集証流程：

1. 學校或研究機構申請
2. 申請者須備齊下列資料：
   (1)填寫研究許可申請書
   (2)學術研究計劃書(及標本採集計劃書)
   (3)研究人員名冊
   (4)照片二張
   (5)身分證或護照正反面影本乙份。
3. 審核(2~3天)
4. 決行(1~2天，若需進入生態保護區或設計保育動物物種，因需轉陳內政部則需約10日)
   1. 4-1.同意
   2. 4-2.不同意
      1. 4-2-1.資料不足
         1. 4-2-1-1.函覆補齊資料
         2. 4-2-1-2.同意
      2. 4-2-2不符規定
      3. 4-2-3.函覆說明不符說明(0~1天)
5. 核發(0~1天)