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  鳥類部分,因四面環海,漁產資源豐富,澎湖許多的無人島嶼都有海鳥棲息分布,為臺灣重要野鳥棲地,更是東亞遷徙性候鳥的中繼站,亦為重要的保育類燕鷗繁殖地,尤其小型的遷徙性猛禽,因長距離飛行能力較差,澎湖南方四島的地理位置恰好能提供飛越海峽前絕佳的暫棲地,對其遷徙途中的存活有重要的影響。

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澎湖鳥類遷徙路徑

      以季節來說,澎湖南方四島以春、冬兩季候鳥數量最多,也是最佳賞鳥時機,夏季時則是燕鷗繁殖的主要季節,因此能觀察到多種燕鷗及其他鳥種,其代表性的鳥種有白眉燕鷗、鳳頭燕鷗等多種鳥類在此棲息,並有俗稱「半天鳥」的澎湖小雲雀、海岸常見的岩鷺以及近年列入保育鳥種的八哥等留鳥,另外也曾經發現過灰鶺鴒、藍磯鶇、灰頭紅尾伯勞、松雀鷹、高蹺鴴、翠鳥等,展現澎湖南方四島多樣的鳥類生態。

      除了鳥類外,兩棲爬蟲類種數較少,其中以蝎虎、無疣蝎虎及麗紋石龍子最常被發現,除了西吉嶼外,其餘島嶼皆有蝎虎與無疣蝎虎的分布,另外在東吉嶼山區則有蛇類雨傘節的出沒;兩棲類動物目前則有發現赤蛙科的澤蛙一種。

      無脊椎動物則以昆蟲綱為主,蝶類部分,各島嶼皆以小灰蝶科的沖繩小灰蝶數量最多,其次為粉蝶科的黃紋粉蝶與水青粉蝶,而其他蝶類則為零星出現,推測和各個島嶼的植被單純有關。其他具代表性的昆蟲,如:蜻蛉目與直翅目也都有分布;而天蛾科的長喙天蛾有著長管狀口器,覓食時採定點飛行,因此常被誤認為是蜂鳥,晨昏之際最容易觀察到。

      島上其他的生物種類較為稀少,除了老鼠、蝙蝠以及羊等,最特別的便是短腕陸寄居蟹,牠們多棲息在海岸叢林、岩石或洞穴間,廢棄的東吉國小、碼頭及東吉派出所旁的欖仁樹下,夜間皆可觀察到,是相當特殊的生態景觀。

短腕陸寄居蟹

短腕陸寄居蟹

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