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珊瑚
  潛入澎湖南方四島深蔚的海洋中,可以觀察到各式各樣的珊瑚,這些珊瑚多呈現五彩繽紛之顏色,主要係其共生藻加上珊瑚本身動物性色素的呈現。根據珊瑚的形態特徵,可以粗略將珊瑚分類為石珊瑚、軟珊瑚和柳珊瑚,石珊瑚堅硬如石頭,因為具有堅硬的碳酸鈣骨骼,成為珊瑚礁最主要的建造者,而軟珊瑚、柳珊瑚不似石珊瑚,不會形成碳酸鈣骨骼而是骨針,軟珊瑚外部形態柔軟,柳珊瑚外部形態則呈現樹枝狀,近年已有國內研究團隊發現軟珊瑚確實具有造礁能力,只是造礁時間要比石珊瑚慢。

      澎湖南方四島的東嶼坪嶼、西嶼坪嶼、東吉嶼、西吉嶼周邊海域中,包括石珊瑚類、八放珊瑚類、水螅珊瑚類等,珊瑚物種多樣性相當高,澎湖南方四島光是石珊瑚種類就相當多元可達百種以上。值得注意的是,在臺灣東部沿岸珊瑚礁區及南部墾丁海域常見的尖枝列孔珊瑚、藍珊瑚、笙珊瑚,在此海域皆未發現,僅在西吉嶼發現極少數的鈍枝列孔珊瑚 ,這些常見物種的差異顯示澎湖南方四島海域的珊瑚群聚與臺灣本島有些不同,推測可能與受到不同海流系統的影響有關。

       澎湖南方四島的石珊瑚覆蓋率相當高,尤以西嶼坪嶼為最,海底經常可見大片分枝形或桌面形的軸孔珊瑚密集生長,造礁活動非常旺盛。
  另一方面,東吉嶼及西吉嶼的部份區域珊瑚覆蓋率則相對較低,屬於珊瑚生長不良或受到環境壓力的環境,礁灰岩的堆積也很有限,多數海底只有珊瑚生長,並無礁體的形成,代表造礁珊瑚的生長受到環境條件的限制;推測可能受到黑水溝(澎湖水道)的強勁海流或是此二島較靠近臺灣西部主要河口、陸源沉積物較多之關係。
  鄰近黑水溝(澎湖水道)之東吉嶼南方及西南方測站的珊瑚群聚主要以分枝粗狀的巨枝鹿角珊瑚和分枝緊密的疣鹿角珊瑚較佔優勢,其次則是團塊形和表覆形的珊瑚,為海流強勁區的珊瑚相。
  單種或少數種珊瑚形成大片群集的現象是澎湖南方四島海域珊瑚群聚的特殊景觀,常見的群集有分枝形軸孔珊瑚、桌面形軸孔珊瑚、葉片形表孔珊瑚。這些群集的直徑往往超過十公尺,而且形成層層疊疊的構造,非常壯觀。

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