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台灣本島海岸線總長約1250公里，海岸環境多變。台灣西部地區為位在東海與南海之間，台灣海峽海底地形平緩，平均深度80-100公尺，沿岸多沙洲、淺 灘、潟湖、沙丘等地形；東部面臨深邃的太平洋，海底地形急遽下降，離岸40公里下降到4000公尺以下，多是陡峭的崖壁。台灣的海域受到黑潮、南海水團及 中國沿岸流的交互影響，在季節交替的影響下產生季節性的變動，呈現多樣的海洋環境。
台灣的海域生態系可分為：
台灣東部海岸大多是以岩石底質為主，而這岩礁表面上有許多孔隙提供生物生存的空間，在這個生態系中有許多大型海藻當做生產者來產生能量，而生活在岩礁生態 系的生物，則以刮食岩石表面的藻類維生，像是海膽、貝類和海兔就是這些動物的代表，牡蠣和藤壺也附著在岩石表面並且會分泌鈣質骨骼，其他如海葵、海棉、水 螅等都是岩礁生態系常見的生物，九孔及龍蝦更是這裡最具經濟價值的生物。
  1. 由各種不同的岩石組成，但因組成的地質不同，經長期風化侵蝕，呈現特殊的地景。
  2. 礁岩提供許多附著生物固著的的場所，例如藤壺、貽貝、牡蠣等，而這些附著的生物也成為礁岩區魚類重要的食物來源。
  3. 礁岩的一些孔穴、縫隙，提供許多魚蝦蟹類的棲身之所。
  4. 擁有大小不同的潮池是最大的特色，每一潮池都自成一個小型但完整的生態系。
  5. 多分佈在北部、東北部、東部海岸、澎湖群島、馬祖列島等地。
圖說1:潮池裡有多樣的生物/澎湖西嶼坪
圖說2:細紋方蟹是潮池常見的螃蟹
圖說3:藤壺固著在岩石上生長
圖說4:海葵固著在岩石上生長
泥灘及紅樹林生態系

許多沿海濕地都屬於泥灘生態系，它們的位置也不在於河口，大部份只接觸到海水，土表上也沒任何植被，它們的底質是顆較小的砂或泥土，甚至是緻密的黏 土，表面上看起來相當平坦，並見生物量似乎不多，但其實他們都躲在砂泥裡面。沙泥灘通常是有機物質堆積的地方，細菌分解作用非常旺盛。一般而言，細砂構成 的環境保水力較強，易於掘洞，是適合許多生物生長的地方。泥灘地是環節動物多毛類、軟體動物的二枚貝及螃蟹等底棲性動物喜愛居住的環境，也是許魚、蝦、 蟹、貝類等生物覓食或育幼場所，還有許多生物的幼生會在這裡度過，因此，泥灘生態系是保存生物多樣性的關鍵棲地。

紅樹林是指有水筆仔、五梨跤、海茄冬及欖李等紅樹林植物所生長的泥灘地，全世界主分佈在熱帶及亞熱帶，台灣的紅樹林主分布在西部沿岸的淡水竹圍及關 渡、新竹紅毛港、苗栗後龍、嘉義布袋、台南四草和屏東大鵬灣。紅樹林生產力旺盛，植物的落葉枯枝由真菌分解後形成有機質豐富的屑碎，而這有機物質則是在紅 樹林裡主要的食物來源，像是多毛類、貝類、甲殼類、魚類、鳥類等，其中水鳥及招潮蟹等都是在紅樹林生態系非常容易見到動物。

  1. 由泥沙、細沙或貝殼沙組成，因底質不固定藻類無法生長，水中缺少有機質，浮游生物少，沙岸上除螃蟹外，不易見到其他生物。
  2. 沙洲、潟湖等地形對海洋生物有哺育幼苗、增加生產力的功能。
  3. 寬廣平坦的潮間帶沙灘，孕育牡蠣、文蛤、竹聖、西施舌等經濟性貝類的幼苗，是重要的淺海養殖地區，也是許多蟹類、鳥類的重要棲息環境。
  4. 分佈在西部海岸、東部宜蘭海岸及金門等地。